岡崎研究所の組織は総会、理事会、事務局からなります。
総会は岡崎研究所の会員よりなり、最高意思決定機関です。
理事会は執行機関ですが、現在の理事会の構成は次の通りです。
(代表理事)
理 事 茂田 宏 元駐イスラエル大使
(相談役)
理 事 時野谷 敦 元外務省北米局長 元EU代表部大使
(以下あいうえお順)
理 事 池田 維 アジア情報フォーラム理事長、元交流協会台北事務所代表、外務省元アジア局長・官房長
理 事 織田 邦男 元空将
理 事 金子 将史 株式会社PHP研究所 取締役 常務執行役員、政策シンクタンクPHP総研代表・研究主幹
理 事 金田 秀昭 元海将
理 事 加藤 良三 元駐米大使
理 事 信田 智人 国際大学国際関係学研究科 教授
理 事 新貝 正勝 元大分県中津市長、防衛省元契約本部長
理 事 番匠 幸一郎 丸紅株式会社グループ顧問、元陸上幕僚副長・西部方面総監
理 事 野島 信明 東京ビジネスサービス株式会社代表取締役会長
理 事 目賀田周一郎 元駐メキシコ大使
理 事 宮川 眞喜雄 元駐マレーシア大使 前内閣官房国家安全保障参与
理 事 吉崎 達彦 株式会社双日総合研究所副所長、同チーフエコノミスト
理 事 梅田 邦夫 日本国際問題研究所客員研究員 元駐ブラジル大使
監 事 伊集院 明夫 財団法人ラジオプレス前理事長